45<br />4-1-1- مشخصات قارچ در محیط کشت PDA…………………….…………………………… 45
4-2- آزمون بیماری-زایی………………..……………………………………………………………… 46
4-3- نتایج تجزیه و تحلیل داده¬های مولکولی……………………………………………..……… 47
4-3-1- توزیع فراوانی آلل¬ها در جمعیت¬ها و جایگاه¬های ریزماهواره……………….……… 47
-3-2- ویژگی آغازگرهای استفاده شده برای جدایه¬ها………………….……………………… 48
4-3-3- آزمون مانتل………………………………………..…………………………………………… 51
4-3-4- گروه¬بندی جدایه¬های F. oxysporum……………………..…………………………… 52
4-3-5- تجزیه به مختصات اصلی در جدایه¬های F. oxysporum مورد مطالعه………..… 55
4-4- تنوع ژنتیکی جمعیت-ها……………………………………………………..…………………… 57
4-4-1- اطلاعات تنوع ژنتیکی پنج جایگاه SSR برای جمعیت¬ها……………….…………… 57
4-4-2- درصد چندشکلی در جمعیت¬های مورد مطالعه………………………………………… 58
4-4-3- بررسی فاصله ژنتیکی و شباهت ژنتیکی در جمعیت¬ها………………………..……… 58
4-4-5- بررسی میزان جریان ژنی در جمعیت-ها…………………………………………………… 60
4-4-6- تجزیه به مختصات اصلی و رسم بای¬پلات بر اساس نشانگر SSR………………… 60
4-4-7- تجزیه واریانس مولکولی………………………………………………….………………… 61
4-5- بحث…………………………………………………………………………….…………………… 62
4-5-1- نتیجه¬گیری کلی……………………………..…..……………………….…………………… 65
4-7- پیشنهادات……………………………………………………………..….………………………… 66
فهرست منابع……………………………………………………………………………………..………… 67

فهرست جدول¬ها

عنوان و شماره صفحه
جدول 3-1- مشخصات جدایه¬های بدست آمده از مناطق مختلف…………………………… 25
جدول 3-2- اجزای محیط کشت پپتون-پنتاکلرونیتروبنزن- آگار……………………….…… 33
جدول 3-3- مواد تشکیل دهنده محیط کشت مواد غذایی خاص…………………….……… 35
جدول 3-4- ترکیبات بافر استخراج DNA………………………………………………………… 39
جدول 3-5- مشخصات آغازگرهای ریزماهواره مورد استفاده………………………………… 42
جدول 4-1- توزیع فراوانی آلل¬ها در جمعیت-ها…………………………………………..……… 48
جدول 4-2- ویژگی¬های آغازگرهای استفاده شده…………………………………………….… 48
جدول 4-3- شاخص نشانگری، نسبت چندگانه مؤثر و میزان چندشکلی (PIC) ………… 49
جدول 4-4- اطلاعات مربوط به آلل¬های موجود………………………………………….……… 50
جدول 4-5- ضمیمه (شکل4-8) ………………………………………………..…………………… 55
جدول 4-6- تخمین تنوع ژنتیکی در جمعیت-ها…………………………………………………… 57
جدول 4-7- درصد چندشکلی در جایگاه¬های ژنی……………………………………………… 57
جدول 4-8- اندازه، مشخصات و فاصله ژنتیکی بین زوج جمعیت¬ها………………………… 59
جدول 4-9- میزان جریان ژنی (Nm) و تمایز ژنتیکی GST در جمعیت¬ها………………… 60
جدول4-10- خصوصیات مؤلفه¬های حاصل از تجزیه به مختصات اصلی……………..…… 61
جدول 4-11- تجزیه واریانس مولکولی (AMOVA) داده¬ها……………….………………… 62

فهرست شکل¬ها

عنوان و شماره صفحه
شکل 2-1- چرخه بیماری زردی و پژمردگی نخود……………………………………………… 13
شکل 3-1- موقعیت جغرافیایی مناطق نمونه¬برداری شده……………..………………………… 24
شکل 3-2- نمونه¬های آلوده به بیماری زردی و پژمردگی…………………………………… 25
شکل 3-3- بررسی کیفیت DNA ژنومی…………………………………………………………… 41
شکل 4-1- پرگنه قارچ F. oxysporum f. sp. ciceri در محیط کشت PDA……..…… 45
شکل 4-2- تصاویر میکروسکوپی قارچ F. oxysporum f. sp. ciceri…………….……… 46
شکل 4-3- آزمون بیماری-زایی…………………………..…………………………………………… 47
شکل 4-4- باندهای DNA حاصل از تکثیر آغازگرهای SSR1……………………………… 50
شکل 4-5- باندهای DNA حاصل از تکثیر آغازگرهای SSR2……………………………… 51
شکل 4-6- باندهای DNA حاصل از تکثیر آغازگرهای SSR9……………………………… 51
شکل 4-7- آزمون مانتل………………………………………………………………………………… 52
شکل 4-8- دندروگرام ارتباط ژنتیکی به روش UPGMA …………………………………… 53
شکل 4-9- دندروگرام ارتباط ژنتیکی به روش الحاق مجاور………………………….……… 54
شکل4-10- نمودار دوبعدی تجزیه به مؤلفه¬ اصلی…………………..…………………………… 56
شکل 4-11- نمودار سه بعدی تجزیه به مؤلفه¬های اصلی…………………………..…………… 56
شکل 4-12- دندروگرام ارتباط ژنتیکی ایجاد شده بوسیله UPGMA ………..…………… 59
شکل 4-13- نمودار دوبعدی پراکنش جمعیت-ها……………………………………….………… 60
شکل 4-14- نمودار مربوط به تجزیه واریانس مولکولی جمعیت¬ها…………….…………… 62

مطلب مرتبط :   زیست‌محیطی، مشی‌گذاری، پیش‌ران، مشی‌های، شکل‌گیری، "کالای

فصل اول
مقدمه

1-1-مقدمه
نخود زراعی (Cicer arietinum L.) گیاهی خودگشن، دیپلوئید (2n=2x=16)، یکساله با ژنوم کوچک738mbp) ~) می¬باشد [27]. نخود مهم¬ترین گیاه از خانواده حبوبات در حوزه مدیترانه، شبه قاره هند ، غرب آسیا و شمال آفریقا است [57]. اصلی¬ترین کشورهای تولید¬کننده نخود در جهان به ترتیب هند، پاکستان، ترکیه، ایران و استرالیا هستند [48].
نخود، منبع بسیار مناسبی برای روی، آهن و پروتئین است. همچنین به لحاظ میزان فیبرهای رژیمی، بسیار غنی بوده و میزان چربی اندکی دارد که از نوع اسید¬های چرب غیر¬اشباع می¬باشد، انواع نخود به طور متوسط دارای 19 درصد پروتئین، 13 درصد چربی و 68 درصد کربوهیدرات می¬باشند، همچنین به لحاظ تأمین میزان کلسیم مورد نیاز نیز حائز اهمیت است [96]. سطح زیر کشت نخود در ایران 640 هزار هکتار و تولید سالیانه آن در حدود 400 هزار تن است [85، 59، 29]. طبق آمارهای انتشار یافته از سوی سازمان خوار و بار جهانی میزان تولید جهانی این محصول در سال 2010 میلادی 10 میلیون تن بوده که سهم ایران از آن حدود 233686 تن بوده است [45].
قارچ Fusarium oxysporum یک پاتوژن خاکزاد با دامنه میزبانی وسیع بوده که باعث پژمردگی آوندی در گیاهان مختلف می¬شود [26]. بیماری پژمردگی فوزاریومی نخود با عاملF. oxysporum f. sp. ciceri مهم¬ترین بیماری خاکزاد این گیاه در جهان خصوصًا در شبه قاره هند، حوزه مدیترانه و کالیفرنیا بشمار می-رود، کاهش عملکرد سالیانه نخود در اثر این بیماری از ١٠ تا ١۵ درصد متغیر است ولی بیماری می¬تواند در شرایط خاص کل محصول را از بین ببرد [68]. این بیماری در ایران نیز از اغلب مناطق نخود¬کاری گزارش شده و میزان خسارت آن در برخی نقاط کشور تا ٢٢ درصد هم برآورد شده است [18]. بیماری زردی و پژمردگی نخود یکی از مهم¬ترین بیماری¬های نخود در استان ایلام می¬باشد که در این استان همه ساله در تمام مناطق نخودکاری باعث خسارت فراوانی می¬شود، بطوری¬که در برخی از مزارع به 50 %تا 70 % هم می-رسد [21]. از آنجایی¬که نخود ارزش غذایی بسیار بالایی دارد و یکی از ارزان¬ترین منابع تامین پروتئین گیاهی (بین 12 تا 31 درصد پروتئین) می-باشد و بیماری پژمردگی یکی از تهدید¬های جدی برای این محصول محسوب می¬شود، از طرفی مبارزه با این بیماری همانند سایر بیماری¬های خاکزاد مشکل است و کنترل این بیماری با استفاده از مواد شیمیایی مقرون به صرفه نخواهد بود، بنابراین طبق بررسی بیماری¬شناسان گیاهی بهترین روش کنترلی این بیماری استفاده از بذر سالم و ارقام مقاوم می¬باشد. یکی از راه¬های رسیدن به ارقام مقاوم پایدار، شناخت قارچ عامل بیماری و بررسی تنوع ژنتیکی آن در مناطق کشت محصول مورد نظر است تا معرفی ارقام مقاوم با اطمینان بالایی صورت گیرد، تغییرات ژنتیکی در قارچ¬های بیمارگر از جنبه تهیه ارقام مقاوم حائز اهمیت است، ردیابی این تغییرات با روش¬های سنتی مستلزم صرف هزینه زیاد و از دست رفتن زمان خواهد بود. استفاده از روش¬های مولکولی در تعیین تنوع ژنتیکی بین جمیت بیمارگر موجب کسب اطلاعات مربوط به وقوع نوترکیبی ژنتیکی آن¬ها می¬شود [66]. یکی از روش¬های مولکولی که برای تعیین تنوع ژنتیکی جمعیت¬های بیمارگر به کار می¬رود نشانگرهای ریزماهواره هستند، نشانگر¬های ریزماهواره ابزار قوی به منظور طبقه¬بندی و مطالعه ژنتیک جمعیت¬ها را فراهم می¬کنند [42، 35]. این نشانگر¬ها جایگاه¬های ترکیب¬شده از توالی¬های ساده تکراری هستند که به صورت تصادفی در سراسر ژنوم قارچ¬ها و دیگر یوکاریوت¬ها پخش شده است [97، 86، 64]. این توالی-ها عموما از چند¬شکلی بالایی برخوردارند [47].

مطلب مرتبط :  

این بیماری در استان ایلام خسارت زیادی وارد می-کند، و یکی از بیماری¬های بسیار مهم نخود در این استان به حساب می¬آید. یکی از روش¬های کنترلی این بیماری، مبارزه شیمیایی می¬باشد اما از آنجایی¬که مبارزه شیمیایی روشی بسیار خطرناک برای محیط زیست و انسان تلقی می¬شود، بهترین روش کنترل این بیماری استفاده از بذر سالم و ارقام مقاوم می¬باشد. به همین دلیل بررسی تنوع ژنتیکی جدایه¬های عامل بیماری با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی این بیماری در این استان انجام می¬گیرد. هدف این پژوهش آن است که با تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی، برنامه-ای یکپارچه برای مقاومت در برابر این بیماری اعمال شود.
هدف از تحقیق حاضر عبات از :
جداسازی و شناسایی قارچ عامل بیماری زردی و پژمردگی نخود و بررسی تنوع ژنتیکی قارچ عامل بیماری

فصل دوم
کلیات و بررسی منابع

2-1- آشنایی با سیمای استان ایلام
استان ایلام در قسمت غرب و جنوب¬غرب کشور ایران قرار گرفته است و از شمال با استان کرمانشاه، از سمت جنوب با استان خوزستان و کشور عراق، از شرق با استان لرستان و قسمتی از استان خوزستان و در غرب با کشور عراق با طول مرز مشترکی حدود 425 کیلومتر محدود می¬شود، این استان در عرض شمالی بین 32 درجه و 20 دقیقه و 51 ثانیه تا 34 درجه و 20 دقیقه و 28 ثانیه از خط استوا و طول شرقی 45 درجه و 41 دقیقه و 40 ثانیه تا 48 درجه و 50 دقیقه و 26 ثانیه از نصف¬النهار مبداء (گرینویچ) واقع شده است [80].
بخش بزرگی از استان ایلام به دلیل استقرار در رشته کوه زاگرس کوهستانی می¬باشد، در جهت شمال-غربی-جنوب¬شرقی استان، رشته کوه مرتفع و طولانی کبیرکوه به طول تقریبی 160 کیلومتر و با قله ورزین به ارتفاع 3062 متر از سطح دریا قرار دارد [80]. مساحت استان 6/2002794 هکتار، تقریباً 2/1 درصد از مساحت کل کشور، دارای 8 شهرستان به نام-های ایلام، ایوان، آبدانان، شیروان