دانلود مقاله تحقیق پایان نامه

پایان نامه ارشد درباره اطلاعات اولیه، ماهواره ها

نشانگر های مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز شامل نشانگر هایی اند که با بهره گیری از واکنش زنجیره ای پلیمراز در آنها،نیاز به کاوشگر ودر نتیجه دو رگ گیری حذف می شود. این گروه از نشانگر ها از توالی الیگونوکلئوتیدی به عنوان آغازگر برای تکثیر قطعه خاصی از DNA استفاده می کنند. روش های مختلف در این گروه ،در طول وتوالی آغازگرها،روش های جداسازی وآشکار سازی قطعات با همدیگرفرق دارند(نقوی وهمکاران ،1388 ).
1-13-کاربرد نشانگر های DNA
برخی کاربردهای نشانگرهای DNA عبارتند از ( قره یاضی ، 1375 ) :
1 ) توالی یابی ژنوم
مهمترین کاربرد نشانگرها توالی یابی ژنوم است . از آنجا که ژنوم یوکاریوت ها خیلی بزرگ است . برای توالی یابی آن باید ژنوم را به قطعات خیلی کوچک تقسیم کرد و هر قطعه را جداگانه توالی یابی نمود. لذا باید روی DNA نقاط معیاری وجود داشته باشد تا بتوان براساس آنها نتایج حاصل از توالی یابی قطعات را کنار هم چید . این معیارها می توانند همان نشانگرها باشند(Brown et al , 1996).
2) Gene tagging
یافتن پیوستگی بین صفت مورد نظر با یک نشانگر است . این امر با بررسی تفرق هم زمان صفت و نشانگر تحقق می یابد .
3 ) Gene mapping
تعیین محل یک ژن روی کروموزم می باشد .
4) بررسی روابط خویشاوندی
با استفاده از چند شکلی نشانگر می توان افراد مختلف را از هم متمایز ساخت. این مورد بیشتر در مطالعات فیلوژنتیکی و تعیین مبدا تنوع اهمیت دارد .
5) انتخاب به کمک نشانگر ( MAS )
از مهم ترین کاربرد نشانگرها است . هدف این است که بتوان صفت مورد نظر را به کمک نشانگر پیوسته با صفت ، انتخاب کرد. این مساله بسیار مهمی می باشد زیرا اگر پیوستگی یک نشانگر با ژن مورد نظر تایید شود آنگاه می توان در هر مرحله ای از رشد حیوان و یا گیاه و در هر محیطی اقدام به گزینش نمود.
اغلب صفات مهم تولیدی صفاتی کمی هستند که توسط چندین جایگاه ژنی کمی کنترل می شوند . لذا امروزه در پروژه های اصلاحی سعی بر نقشه یابی جایگاه های ژنی صفات کمی است تا بتوان از آنها در MAS استفاده کرد .
6 ) حفظ ذخایر ژنتیکی
به کمک نشانگرها می توان تنوع ژنتیکی موجود را بررسی کرد و در حفظ و سازماندهی آن اقدام نمود .
1-14 – نشانگرهای ISSR
یکی از نشانگر ها که در مطالعات تنوع ژنتیکی موجودات زنده وگیاهان کاربرد دارد توالی های یک روش بر پایه ریز ماهواره ها است. ISSR ، تکرار توالی ساده داخلی، به اطلاعات اولیه در زمینه ژنوم وطراحی آغازگر ها نیاز ندارد. این نشانگر در سال 1994 معرفی شد( (Reddy et al ,2002. نیمه تصادفی بوده و در حضور یک آغازگر مکمل نسبت به ریز ماهواره هدف، تکثیر می یابد که این عمل در حضور آغازگرهای بدون جایگاه انتخابی،ولی دارای نوکلئوتید های تکراری مانند AC,AG,GT وغیره انجام می شود (Schlotterer ,2000 ,Redy et al ,2002). این تکنیک نیازمند اطلاعات اولیه درمورد توالی ژنوم نیست والگوهای چند شکل زیاد وچند لوکوسی ایجاد می نماید .کاربرد آن ساده بوده وبه صرف وقت زیادی نیاز ندارد به دلیل فراوانی تکرارهای دو نوکلئوتیدی AC,CA,TC,CT ، GA ,AG در گیاهان،استفاده از آغازگر های ISSR مربوط به این تکرارها در ژنوم گیاهان میزان چند شکلی مناسبی ایجاد می کند از این نشانگر در انگشت نگاری ژنومی،تنوع ژنتیکی تجزیه های فیلوژنتیکی،نقشه یابی ژنومی ومطالعه روی جمعیت های طبیعی استفاده می شود(Shahsavar ,2007).
نشانگر های ISSR همانند RAPD جز نشانگر های غالب طبقه بندی می شوند (Wolf et al ,1998)
این تکنیک شامل تکثیر قطعات DNA موجود در فواصل قابل تکثیر بین دو ناحیه تکرار ریزماهواره ای است که در دو جهت مختلف قرار گرفته اند(Mezeena et al ,2001). در این نشانگر از ریز ماهواره هایی با طول 25-16 بازبه عنوان آغازگر ها استفاده می شوند که مکان های ژنومی متعددی را مورد هدف قرار می دهند تکرارهای ریز ماهواره ای که در واکنش PCR عموما به عنوان آغازگر استفاده می شوند اصولا دوتا پنج نوکلئوتیدی هستند. این آغازگرها به صورت قلاب شده (با نوکلئوتید های اضافه) یا قلاب نشده(بدون نوکلئوتید اضافه) می باشند.نوکلئوتید های اضافه می توانند هم در جهتَ 3وهم در جهت5َ قرار گیرند(Singh et al ,2007).این نشانگر ها دارای تکرار پذیری وچند شکلی بالایی هستند (Mezeena et al ,2001, Singh et al,2007).همانند نشانگر های RAPD دارای تکنیک ساده ای هستند وبه دلیل طویل بودن طول آغازگرها تکرارپذیری آنها در حد نشانگرهایSSR می باشد(Hemmat et al ,2003) .اما این میزان تکرارپذیری در نشانگر ISSR بین 95-92%گزارش شده است و تنها باند های ضعیف قابلیت تکرارپذیری ندارند. همچنین نتایج بدست آمده از این نشانگر تحت تاثیرغلظت DNA قرار می گیرد (Mezeena et al ,2001). آغازگرهای دو نوکلئوتیدی با تکرارهای CA,AC,TC,CT ،GA,AG معمولا میزان پلی مورفیسم بالاتری نسبت به سایر آغازگرهای با تکرارهای دو نوکلئوتیدی دارند.
1-14- 1 – مزایای تکنیک ISSR
ISSR روشی ساده ، سریع و سودمند است . قابلیت تکرارپذیری بالایی دارد. کاربرد رادیواکتیویته ضرورتی ندارد. پرایمرها خیلی اختصاصی نبوده و به آسانی قابل سنتز هستند. ناحیۀ قلاب شدۀ آغازگر ، اجازۀ اتصال محکم تر آغازگر به جایگاه هدف در نمونۀ الگو را می دهد . بنابراین آغازگر شانس بسیار کمی برای سر خوردن خواهد داشت . طول بلند پرایمرها سبب استحکام بیشتر می شود . محصول تولید شده با پرایمرهای ISSR معمولاً دارای طولی برابر با 2000 – 200 bp بوده و قابل تشخیص با الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید هستند (Reddy ,2002 &Nybom ,2003).
1-14-2- معایب تکنیک ISSR

]]>